São João Batista foi fundada em 1834, com a chegada do Capitão João de Amorim Pereira. A partir de 1836 começaram a chegar os primeiros imigrantes italianos da região da Sardenha. Sua emancipação política deu-se em 19 de julho de 1958. 

Teve sua economia, inicialmente, baseada na agricultura até surgirem as fábricas de calçados, que transformaram a cidade num dos maiores pólos calçadistas do estado.

Promove, anualmente, nos meses de janeiro e fevereiro, a FECAT – Feira do Calçado Catarinense.